430 Hektar, das sind 8 Prozent des Freiburger Stadtwaldes, sind als großflächigeres Naturschutzgebiet (NSG) oder Schonwald ausgewiesen. Die Schutzgebietsverordnung sowie detaillierte Pflege- und Entwicklungspläne beschreiben Verbote und Bewirtschaftungsvorgaben.
Naturschutzgebiet Freiburger Rieselfeld
Das Rieselfeld im Westen der Stadt diente einst der Ausleitung und Klärung ("Verrieselung") städtischer Abwässer. Die Waldteile bilden den westlichen und südlichen Rand des Schutzgebiets. Sumpfwälder (Schwarzerlen-Eschenwälder) wechseln mit Eichen-Hainbuchenwäldern. Hier brüten u.a. Mittel- und Kleinspechte sowie der farbenprächtige Pirol.
Naturschutzgebiet Schauinsland
Rund ein Drittel des knapp 1.000 Hektar großen Naturschutzgebiets befindet sich auf Freiburger Gemarkung. Die historisch durch Silberbergbau und Weidewirtschaft geprägte Höhenlandschaft ist ein Mosaik hochmontaner Magerrasen und Mähwiesen. Immer wieder sind Weidbuchen und Weidbuchenhaine eingesprengt. Auf den oft blocküberlagerten Hängen wachsen montane Bergmischwälder v.a. aus Buche, Tanne und Fichte. Die Waldgesellschaft soll als "Dauerwald" langfristig und beispielhaft erhalten werden. Fichtenwälder werden gezielt mit Tannen und Buchen angereichert.
Mehr zum Schauinsland gibt es auf den Sonderseiten der Amtsblattausgabe von Juni 2009.
Naturschutzgebiet Gaisenmoos
Zwischen Tiengen und der A5, am Schwemmfächer der Dreisam gelegen, durchtränken fast ganzjährig Wasserläufe und Quellen den Mooswald. Die strukturreichen Sumpf- und Feuchtwälder beherbergen unter anderem den extrem seltenen Königsfarn (Osmunda regalis).
