Dennoch ist die Beurteilung dieser Anpassung Staudingers, die weit über das geforderte Maß hinausging, schwierig, da er 1933 von Rektor Heidegger wegen seiner pazifistischen Grundhaltung im Ersten Weltkrieg bei der Landesregierung denunziert worden war. Staudinger musste daraufhin zwei Verhöre in Karlsruhe über sich ergehen lassen und sein eigenes Rücktrittsgesuch aufsetzen. Dieses blieb auf Intervention einflussreicher Kreise der chemischen Industrie unbeantwortet liegen, seine Existenz als Hochschullehrer folglich in der Schwebe. Staudinger wurde gewissermaßen aus Sorge um seine Forschungstätigkeit auf dem Gebiet der Polymere gezwungen, Wohlverhalten an den Tag zu legen. Im Jahre 1935 wurde er förderndes Mitglied der SS. Auch sah er sich in der Auseinandersetzung mit den Gegnern seines Konzepts der Makromoleküle als Opfer einer jüdischen Verschwörung (Deichmann), sodass ihn wohlmeinende Kollegen vor Übertreibungen warnen mussten. Selbst als es an deutschen Hochschulen keine jüdischen Studierenden mehr gab, sondern nur hier und dort einige 'Halbjuden', beschwerte er sich 1942 beim Rektor und beim Reichserziehungsministerium 'über zu viele Mischlinge'. Er musste sich daher von Berlin sagen lassen, dass diese 'jüdischen Mischlinge' mit Genehmigung des Ministeriums studierten. Außerdem verwahrte er sich beim Rektor gegen die vielen putzsüchtigen Studentinnen in seinen Vorlesungen, Staudingers Institut betrieb zudem ‚wehrchemische’ Forschungen und galt zusammen mit dem Institut für Physik als das kriegswichtigste an der Universität. Gelder der Industrie und der Deutschen Forschungsgesellschaft flossen reichlich, sodass Staudinger 1940 ein Institut für makromolekulare Chemie an der Freiburger Universität begründen konnte. Ob Staudinger an der Weiterentwicklung von Giftgasen beteiligt war, ist nicht eindeutig nachweisbar. In seinem Rechenschaftsbericht vom 6. Juli 1945 über die Lehrtätigkeit in nationalsozialistischer Zeit war von all dem keine Rede.