Ludwig Heilmeyer genoss zu Lebzeiten einen sehr guten Ruf als herausragender Hämatologie (Herausgeber des Handbuchs der Hämatologie). Als Wissenschaftler und Forscher sowie als Kliniker gehörte er zu den führenden Gestalten der Inneren Medizin in der Nachkriegszeit. Die von ihm gegründete „Gesellschaft für Fortschritte in der Inneren Medizin“, deren Vorsitzender Heilmeyer von 1963-1969 war (auch „Heilmeyer-Gesellschaft“) verleiht die renommierten „Ludwig-Heilmeyer-Preise“ in Gold und Silber. Die Gesellschaft benannte sich 2011 in „Walter-Siegenthaler- Gesellschaft für Fortschritte in der Inneren Medizin“ um. Die medizinischen Leistungen Heilmeyers sind unbestreitbar, seine politische Haltung wurde hingegen bei den Ehrungen durch die Hochschulen und Preisbenennungen übersehen: Als freiwilliges Mitglied des Freikorps Epp hatte Heilmeyer an der blutigen Niederschlagung der Münchener Räterepublik teilgenommen. Das Freikorps (darunter Ernst Röhm, Rudolf Heß, Gregor und Otto Strasser) verübte dabei zahlreiche Morde. Später engagierte sich Heilmeyer im antidemokratisch ausgerichteten Stahlhelm, der dann 1933/1934 in die SA überführt wurde. An der Universität Jena, deren frühe nationalsozialistische Ausrichtung schon den Zeitgenossen bekannt war, hat sich Heilmeyer – wie viele anderer Mediziner auch – an der Gründung eines Nationalsozialistischen Deutschen Dozentenbundes (NSD) nicht nur beteiligt, er wurde als Oberarzt vom NS-Landesminister Fritz Wächter vielmehr ausdrücklich damit beauftragt und wurde erster dortiger Dozentenschaftsführer (1933-1934). Sehr fragwürdig war auch das Engagement von Ludwig Heilmeyer (Freiburg) und anderen bekannten Internisten im Kontext des Nürnberger Ärzteprozesses. Ein Jahr nach den Urteilen untersuchte eine Kommission der Deutschen Gesellschaft für Innere Medizin noch einmal die Grundlage des Urteils gegen den KZ-Arzt Wilhelm Beiglböck, der in Dachau Menschenversuche mit Meerwasser an Sinti und Roma durchgeführt hatte. Dieses Gutachten erkannte zwar an, dass die Probanden nicht freiwillig waren, verneinte aber die verbrecherische Natur der Experimente. In Nachrufen auf Beiglböck wurde das Gutachten später als dessen volle Rehabilitation bewertet. Im Gutachten selbst heißt es, dass „in der Art der Auswahl und der Gewinnung von Versuchspersonen Fehler begangen worden seien und in der Wahl eines Konzentrationslagers als Versuchsort, dass diese Fehler aber keine Verbrechen gewesen seien“ (Alexander Mitscherlich/Fred Mielke: Wissenschaft ohne Menschlichkeit. Medizinische und Eugenische Irrwege unter Diktatur, Bürokratie und Krieg, Heidelberg 1949, S. 81; Ernst Klee: Auschwitz, die NS-Medizin und ihre Opfer, Frankfurt a.M., 22002, S. 252f.).