Alexander Ecker, der einer bekannten Freiburger Professorenfamilie entstammte, schlug nach seinem Medizinstudium die wissenschaftliche Laufbahn ein. Nach mehrjähriger Tätigkeit an den Universitäten Basel und Heidelberg übernahm er 1850 den Lehrstuhl für Zoologie, Physiologie und Anatomie in Freiburg. Große Bekanntheit erlangten seine Arbeiten zur Embryonalentwicklung bei Mensch und Tier. Von ihm stammt die heute noch gültige Nomenklatur der Windungen und Lappen der Großhirnrinde beim Menschen. Er begründete eine anthropologische Sammlung, die später den Grundstock der Sammlungen des Völkerkundemuseums und des Museums für Ur- und Frühgeschichte in Freiburg bildete. Herzstück seiner Sammlungen war eine 1 600 Menschenschädel umfassende Spezialsammlung, die heute im Freiburger Universitätsarchiv verwahrt wird. Diese sogenannten 'Rasseschädel' stammen nicht nur aus Baden, sondern auch aus Afrika, Peru oder Malaysia. Etwa ein Dutzend Herero- Schädel, die nach dem Tode Eckers hinzukamen, waren aus der damaligen Kolonie Deutsch-Südwestafrika, dem heutigen Namibia, und wurden während der Kolonialzeit beschafft. Die Albert-Ludwigs-Universität entschied daher 2011, einige an das afrikanische Land zurückzugeben. In seinem 1865 erschienenen Werk 'Crania Germaniae meridionalis occidentalis (= Schädel Südwestdeutschlands)' entwickelte Ecker 'die erste auf Schädelstudium begründete Rassenkunde dessen, was man heute nordische Rasse nennt', wie sein zweiter Nachfolger auf dem Freiburger Lehrstuhl für Anthropologie, der berühmtberüchtigte Eugen Fischer, ein Vorreiter der nationalsozialistischen Rassenideologie, in einer Würdigung 1942 schrieb. Inspiriert von Darwins Lehre machte sich auch Ecker Gedanken zum 'Kampf ums Dasein' zwischen den Menschen und Völkern: ' es ist ein Naturgesetz, das sich mit eiserner Strenge vollzieht: die geistig höher stehende Rasse besiegt und verdrängt die niedriger stehende.' Ecker als Begründer der Schädelkunde versuchte den Nachweis von der Abstufung der Rassen und Höherwertigkeit des 'weißen Mannes' zu erbringen. Der Anthropologe wurde zum federführenden Vordenker des Sozialdarwinismus und der völkischen Rassenideologie, die seiner Zeit aber noch fremd war.